La FAU cuenta con diversos centros de investigación de alto nivel en diversas líneas específicas. Son también un recurso de apoyo a la investigación con equipamiento y licencias que les permiten sostener una activa oferta de servicios al medio. Las estructuras funcionales son dinámicas y variadas y las temáticas que investigan pueden advertirse a partir de sus propias denominaciones. Entre ellos:
- CEEHAS (Centro de Estudios de Energía, Habitabilidad y Arquitectura Sustentable)
- LABORATORIO DE ACONDICIONAMIENTO AMBIENTAL
- CETYHAP (Centro de Estudios del Territorio y Hábitat Popular)
- CRIATIC (Centro Regional de Investigaciones de Arquitectura de Tierra Cruda)
- LEME (Laboratorio de Materiales y Elementos de Edificios)
- INTEPH (Instituto de Investigaciones Territoriales y Tecnológicas para la Producción del Hábitat) / Centro de doble dependencia UNT-CONICET
- INSTITUTO DE PLANEAMIENTO Y DESARROLLO URBANO
- OFUT (Observatorio de Fenómenos Urbanos Territoriales)
- INSTITUTO DE HISTORIA Y PATRIMONIO
- CENTRO DOCUMENTAL DE LA ARQUITECTURA DEL NOA